Vznik a vývoj tejto akademickej knižnice je organicky spätý s existenciou vysokých škôl humanitného zamerania, predovšetkým pedagogického, v našom regióne. V roku 1949 bola vládnym výnosom založená Pobočka Pedagogickej fakulty Slovenskej univerzity v Košiciach a spolu s ňou vznikla aj knižnica pod názvom Knižnica Pobočky pedagogickej fakulty SU v Košiciach. Vládnym nariadením z 8. júla 1952 bola Pobočka PF SU premiestnená do Prešova a následne bol presťahovaný aj jej knižničný fond, ktorý tvorilo 4 308 zväzkov. Týmto začala knižnica, už pod názvom Knižnica Pobočky Pedagogickej fakulty SU v Prešove, svoju činnosť v Prešove.

V súvislosti s reorganizáciou školstva v  roku 1953 vznikla z Pobočky PF SU Vyššia pedagogická škola a aj knižnica dostala názov Knižnica Vyššej pedagogickej školy v  Prešove. Zároveň začala knižnica slúžiť Filologickej fakulte Vysokej školy pedagogickej v Bratislave, ktorá bola práve zriadená v Prešove. V tejto dobe knižnica sídlila v centre Prešova na terajšej Hlavnej ulici č. 22 v historickej budove známej ako palác Klobušickovcov. 

V roku 1959 z Vyššej pedagogickej školy vzniká Pedagogický inštitút a knižnica dostala názov Knižnica Pedagogického inštitútu v Prešove. V tom istom roku bola založená vládnym výnosom Filozofická fakulta (z Filologickej fakulty VŠP), ktorá spolu s Lekárskou fakultou v Košiciach tvorila Univerzitu P. J. Šafárika so sídlom v Košiciach. V roku 1964 sa Pedagogický inštitút pretransformoval na Pedagogickú fakultu, ktorá sa stala súčasťou UPJŠ.  Knižnica pod názvom Ústredná knižnica Filozofickej fakulty a Pedagogickej fakulty v Prešove si plnila základné úlohy prostredníctvom dvoch oddelení: Oddelenia spracovania knižničných fondov a Oddelenia styku s čitateľom. Organizačne bola knižnica riadená Dekanátom Filozofickej fakulty. Ústredná knižnica FF a PdF mala v roku 1972 vo svojom knižničnom fonde 240 000 zväzkov, 500 titulov periodík a 10 odborných pracovníkov.

Na báze troch ústredných fakultných knižníc bola v roku 1973 zriadená Ústredná knižnica a Študijno-informačné stredisko UPJŠ v Košiciach. Jej súčasťou bola aj naša knižnica, ktorá dostala názov Ústredná knižnica a ŠIS UPJŠ v Košiciach, vysunuté pracovisko v Prešove. Toto pracovisko fungovalo so všetkými oddeleniami potrebnými na zabezpečenie služieb (akvizícia, katalogizácia, požičovňa, študovňa a informačné pracovisko).  Špecifickou črtou knižnice bola skutočnosť, že napriek centrálnemu riadeniu si zachovala samostatnosť knižničných fondov, samostatnosť evidencie a spracovania a samostatnosť poskytovania služieb.

Významným medzníkom v činnosti knižnice bol rok 1984. V tomto roku bola dokončená výstavba vysokoškolského areálu na Ul. 17. novembra 1 (bývalá Gottwaldova ulica) pre prešovské fakulty UPJŠ. Súčasťou tohoto komplexu boli aj priestory, určené pre knižnicu.  V roku 1990 sa UPJŠ rozšírila o dve nové prešovské fakulty Pravoslávnu bohosloveckú fakultu a Gréckokatolícku bohosloveckú fakultu, čím sa rozšírilo aj prešovské pracovisko ÚK o dve špecifické knižnice, ktoré sú dodnes jej súčasťou. V roku 1991 bola Ústredná knižnica a ŠIS UPJŠ premenovaná na Univerzitnú knižnicu UPJŠ v Košiciach a opäť sa menil aj názov knižnice, ktorý znel Univerzitná knižnica UPJŠ, vysunuté pracovisko v Prešove. Až do konca roka 1996 bola Univerzitná knižnica UPJŠ najväčšou akademickou knižnicou v regióne východného Slovenska. Naša knižnica, ako jej najväčšia pobočka, mala vtedy 14 odborných pracovníkov a vo svojom knižničnom fonde 300 000 zväzkov kníh a 11 000 titulov periodík.

V roku 1997 došlo k rozdeleniu Univerzity P. J. Šafárika na dve samostatné univerzity. So vznikom Prešovskej univerzity sa osamostatnila aj naša knižnica a  dostala svoj dnešný názov Univerzitná knižnica Prešovskej univerzity v Prešove (UK PU). S dynamickým rozvojom univerzity (počet študentov od jej vzniku vzrástol o takmer 4 000) dochádza k nevyhnutnému rozširovaniu aj jej akademickej knižnice, čo sa odzrkadlilo v skvalitňovaní všetkých jej činností. Vedenie Prešovskej univerzity a aj vedenia jednotlivých fakúlt pochopili, že bez kvalitnej knižnice nemôže byť ani kvalitná univerzita. Preto sa snažili a snažia v rámci svojich možností maximálne podporovať jej rozvoj, za čo im patrí naše uznanie.  Dovolíme si preto tvrdiť, že obdobie od vzniku Prešovskej univerzity patrí k tým svetlejším etapám v histórii knižnice. Dokazujú to aj kvantitatívne ukazovatele dosiahnuté v tomto období

Pri spomienkach na minulosť knižnice nesmieme zabúdať na ľudí, ktorí  ju tvorili a tvoria, ľudí, ktorí svoj život spojili s jej osudom a svojou prácou určili jej charakter. Pri hodnotení činnosti našej akademickej knižnice si dovoľujem s úprimnou úctou poďakovať všetkým tým, ktorým sa práca pre túto inštitúciu stala poslaním a ktorí sa snažili a snažia, aby si Univerzitná knižnica PU dôstojne plnila svoje úlohy a bola tak skutočným srdcom univerzity. .